Seit Oktober 2013 ist Eugen Gehlenborg Mitglied des Präsidiums des Deutschen Fußball-Bundes ein. Als Vizepräsident für Nachhaltigkeit, sozial- und gesellschaftspolitische Fragen ist er unter anderem Geschäftsführender Vorsitzender der DFB-Stiftung Egidius Braun und Vorstandsvorsitzender der Sepp-Herberger-Stiftung.
Als aktiver Fußballer spielte er auf der Verbandsebene und war viele Jahre als Spieler-/Trainer in Mannschaften auf der Bezirksebene aktiv. Schon seit 1991 bekleidet er ehrenamtliche Funktionen innerhalb des Verbandes. Zunächst als Vorsitzender des Fußballkreises Cloppenburg und später im Niedersächsischen Fußballverband als Vizepräsident und Vorsitzender der Kommission für soziale Angelegenheiten.
Seit 2009 ist Eugen Gehlenborg auch Präsident des Norddeutschen Fußball-Verbandes.
Der Diplom-Pädagoge war nach seinem Studium in der Erwachsenen-/Weiterbildung tätig und dort in leitender Funktion für die Weser-Ems-Region zuständig. Im Jahr 2003 erfolgte ein Wechsel in das Nds. Ministerium für Wissenschaft und Kultur. Dort wurde ihm die Referatsleitung für den Bereich Weiterbildung, Informationsmanagement und wissenschaftliche Bibliotheken und die stellvertretende Abteilungsleitung für den Bereich Forschung und Innovation übertragen.